厚生労働省が実施した
『第19回医療経済実態調査の報告（平成25年実施）TKC 医業経営指標に基づく経営動態分析　外部リンク』 に無床診療所の院内処方、院外処方について、以下の見解が発表されていましたので、ご参照ください。

※以下、上記資料より抜粋

無床診療所の院内処方、院外処方について

院内処方の無床診療所においては、11 診療科カテゴリのうち保険診療収益の前年比がマイナスとなった診療科目が6 診療科に上った。院外処方と比較しても、皮膚科を除くすべての診療科で、院内処方の前年比が見劣りする。
客体の決算期にはばらつきがあり、この数字が診療報酬改定の影響を直接示すものではないが、薬価その他の改定が、院内処方の診療所経営にとって厳しく影響したことが推察される。

経常収益率の比較

法人においても、個人においても、全ての診療科（客体数が10 未満の診療科を除く）で、院外処方の診療所のほうが院内処方の診療所より経常利益率が高かった（図2.3.12、図2.3.13）。
なお、診療内容と患者数が同等の診療所において、同等の借入返済や院長報酬（個人のみ）を賄うためには、同等の利益額が必要であるが、そのためには、院内処方よりも院外処方の方が、利益率が高いことが必要である。